Les nouvelles maladies émergentes

mercredi 23 juillet 2014
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Jean-Marie Aynaud ( V2, 24 mars 2014)
e-mail : jean-marie.aynaud@wanadoo.fr

 

 Les nouvelles maladies infectieuses émergentes :
 Quel lien avec le monde nouveau mondialisé que nous vivons ? 
 Qui sont-elles ?
 D’où viennent-elles ?
 Comment se propagent-elles ?
 Comment les maîtriser ?
 6 situations récentes exemplaires
 Pourquoi les chauves-souris ? 

Introduction :
La décennie des années 1980 se révèle être une rupture dans le paysage de l’évolution des maladies infectieuses au cours de la deuxième moitié du XXe siècle :
A la fin des années 1970, la médecine occidentale a cru à la victoire des vaccins, des antibiotiques, de la pharmacochimie et des biotechnologies sur les maladies infectieuses et parasitaires comme par exemple la diphtérie, la poliomyélite, la syphilis, la fièvre jaune, la typhoïde, la peste, le choléra, le paludisme, la maladie du sommeil etc.
Le directeur général de la santé aux USA avait même annoncé à cette époque « Le chapitre des maladies infectieuses est clos ». Il se basait sur le fait que les maladies infectieuses étaient toutes recensées, donc connues, et donc pratiquement toutes maîtrisées, ou en phase de le devenir. L’éradication de la variole en 1977 était le premier exemple retentissant et d’autres allaient suivre, c’était certain ! Donc pour l’avenir il fallait s’intéresser plutôt aux maladies cardio-vasculaires, au cancer et au vieillissement.
Mais dès les premières années de la décennie 1980, la réalité devient toute autre. Ce fut un choc culturel avec l’arrivée brutale du SIDA, ce fut alors le constat de la non maîtrise des maladies infectieuses et qu’aucune autre maladie que la variole n’était prête à être éliminée, et surtout qu’il fallait s’attendre à en voir de nouvelles.
Dans les 20 dernières années du XXe siècle et les 10 premières années du XXIe, on a ainsi assisté dans le monde à la recrudescence de « vieilles connaissances » (les maladies dites réémergentes) telles que la typhoïde , la tuberculose, le paludisme, la poliomyélite, la fièvre jaune, la peste etc…, et en même temps l’apparition de nouvelles maladies (maladies dites émergentes) telles que le SIDA, les fièvres hémorragiques virales, les encéphalites virales, la dengue, le chikungunya, le West-Nile, le SRAS, la grippe aviaire, la vache folle, la maladie de Lyme, la légionellose, l’anthrax, les maladies nosocomiales etc… . Ainsi toute nouvelle maladie infectieuse faisant irruption de façon inhabituelle en population humaine a été appelée maladie émergente. Au début des années 2000, une nouvelle maladie émergente est découverte tous les 14 à 16 mois (contre une tous les 10 à 15 ans avant la décennie 1980).
La décennie des années 1980 apparait donc comme une fracture dans le paysage des maladies infectieuses ; cette fracture marque aussi le début de ce monde nouveau marqué par la mondialisation avec son cortège d’effets positifs et aussi hélas négatifs. Ce monde nouveau est interprété par les anthropologues ou les philosophes(Teillard de Chardin, Yves Coppens, Pascal Picq, Michel Serres… ) comme une nouvelle étape de l’Evolution et il semble bien que l’apparition des maladies infectieuses émergentes en constitue un de ses aspects.
Dans leur grande majorité, les maladies émergentes ou réémergentes ont en commun les quatre caractéristiques suivantes :
1- Elles sont en majorité de nature virale 
2- Mis à part trois d’entre elles (légionellose, maladies nosocomiales et poliomyélite), elles proviennent de l’animal et en particulier de l’animal sauvage (ce sont des zoonoses, c’est-à-dire des infections naturellement transmissibles de l’animal à l’homme, par exemple la rage ou l’ESB) ; elles sont causées par des virus qui passent de leur réservoir animal à l’homme en franchissant la barrière d’espèce
3- Elles sont liées aux activités humaines : nos nouveaux modes de vie, les conséquences de la dégradation des écosystèmes et de la réduction de la biodiversité, et de façon générale les effets de la mondialisation et de nos modes de développement
4- Elles apparaissent de façon inhabituelle dans des régions où elles n’existaient pas auparavant, ou dans des régions où elles avaient disparu depuis longtemps (maladies réémergentes comme par exemple actuellement la peste à Madagascar, la poliomyélite en Syrie et au Pakistan, ou le choléra à Haïti peu après le séisme)
5- Certaines ont une vitesse de propagation très rapide (le SRAS par exemple)
L’émergence infectieuse doit être comprise comme une rupture de l’équilibre de la cohabitation de l’homme avec la faune sauvage et avec ses prédateurs que sont les microbes pathogènes.
Comment définir la notion de maladie infectieuse émergente ou réémergente ?
Les maladies émergentes (à ne pas confondre avec les maladies dites « orphelines » qui sont des maladies rares non infectieuses, souvent d’origine génétique et pour lesquelles on ne connait pas encore de traitement) sont liées au développement d’infections nouvelles causées de façon inhabituelle par l’évolution ou la modification d’un agent pathogène déjà existant. Le caractère « nouveau » se traduit par un changement d’hôte (franchissement de la barrière d’espèce, par exemple dans le cas de la grippe aviaire H5N1), ou par une plus grande pathogénicité (cas du Chikungunya) ou un potentiel élevé de pandémie (comme par exemple le virus VIH avec le SIDA). Elles concernent le plus souvent à l’origine des pays en voie de développement en milieu tropical (comme par exemple, les fièvres hémorragiques virales en Afrique, ou le virus du Chikungunya en Afrique et en Asie du Sud Est), et posent d’importants problèmes de santé publique dans ces pays et ailleurs.
Elles sont en hausse rapide (quadruplement en 50 ans) et leurs apparitions sont plus fréquentes depuis 25 ans. Leur grande majorité tire leur origine de l’animal sauvage qui se comporte alors comme un porteur sain (ce qui est le cas par exemple des oiseaux, des primates, des chauves-souris ou des petits rongeurs) ou domestique (bovin, porc ou volailles par exemple).
Diversité et unicité des nouvelles maladies émergentes
Les 27 maladies émergentes d’importance dont on a noté l’apparition depuis une vingtaine d’années présentent une unicité remarquable en tant que zoonoses. En revanche, elles révèlent une intéressante diversité si on considère la nature et la diversité de l’agent pathogène responsable (le plus souvent des virus appartenant à des espèces très différentes), le type de maladie générée suite à l’infection (hémorragique, nerveuse, respiratoire), ou le recours à un vecteur (moustique, tique).
Liste des principales maladies infectieuses émergentes présentes dans le monde en 2014 :
9 maladies émergentes générant un syndrome hémorragique :
 Maladie émergente Nature de l’agent pathogène Situation France et Outremer
 Fièvre Ebola virus néant 
 Fièvre de Lassa virus néant
 Fièvre de Marburg virus néant 
 Fièvre de Hantaan virus 2000 (régions Est)
 Fièvre vallée du Rift virus 2007 (Mayotte)
 Fièvre d’Argentine virus néant
 Fièvre jaune virus(+moustique) néant
 Maladie du hamburger bactérie 2005 (100 cas par an)
 Maladie des graines germées bactérie néant
7 maladies émergentes générant un syndrome nerveux (encéphalite, encéphalomyélite) :
 Maladie émergente Nature de l’agent pathogène Situation France et Outremer
 Rage (maladie réémergente) virus cas isolés (2004, 2008, 2013)
 
 Encéphalite à Lyssavirus virus cas isolés (2003, 2007, 2012)
 (rage des chauves-souris)
 Encéphalite à West-Nile virus (+ moustique) cas isolés (1980, 2003, 2003)
 Encéphalite à virus Nipah virus néant
 Maladie du Chikungunya virus ( + moustique) 244.000 personnes atteintes 
 et 203 décès en 2005 à la Réunion, cas isolés en métropole en 2010
 Poliomyélite virus néant
 ESB prion 2000, (26 cas à ce jour) 
 5 maladies émergentes générant un syndrome respiratoire :
 Maladie émergente Nature de l’agent pathogène Situation France et Outremer
 Grippe aviaire H5N1 virus canard sauvage, en 2006
 SRAS virus cas isolés en 2003
 « Syndrome respiratoire aigu sévère »
 MERS-CoV virus cas isolés en 2013
 « Syndrome respiratoire du Moyen-Orient » un cas importé 
 Hendra virus néant
 Légionellose bactérie 1540 cas en 2010
6 autres maladies émergentes avec syndromes divers :
 Maladie émergente Nature de l’agent pathogène Situation France et Outremer
 SIDA (immunodéficience) virus 6500 contaminations en 2013
 Dengue virus (+ moustique) cas isolés en 2013 en Rhone-Alpes
 (« grippe tropicale ») 10000 cas en Guadeloupe en 2013 
 Maladie de Lyme (multiviscérale) bactérie (+ tique) 12000 cas par an
 Maladies nosocomiales bactéries 1 patient sur 20 est touché 
 (infections hospitalières par des bactéries résistantes aux antibiotiques)
 Anthrax ou Charbon, bactérie néant
 Peste humaine bactérie (+ puce) néant
 (pour mémoire, 2300 cas par an en République démocratique du Congo et Madagascar)

Incidence en France des maladies émergentes en France
Le territoire français (Outremer inclus) est touché de façon plus ou moins importante par 16 de ces 26 maladies émergentes ou réémergentes dans les conditions suivantes :
De façon sporadique (cas isolés) pour 9 d’entre elles : Hantavirus, fièvre de la vallée du Rift, Rage, Lyssavirus, West-Nile, ESB, grippe aviaire, SRAS, nouveau coronavirus.
De façon plus importante pour 7 autres avec chaque année de nombreux cas : maladies nosocomiales, légionellose, maladie de Lyme, SIDA, maladie du hamburger et enfin la Dengue et le Chikungunya en progression inquiétante en Outremer.
De nature très contagieuse, certaines ont une propagation rapide par voie aérienne comme par exemple la grippe, le SRAS ou la légionellose ; d’autres de nature transmissible nécessitent l’intervention d’un vecteur (moustique, tique, puce) comme c’est le cas pour le Chikungunya, la Dengue ou la maladie de Lyme ; enfin d’autres se propagent soit à la faveur de contacts rapprochés avec le patient atteint excrétant le virus ou la bactérie en cause (c’est le cas des fièvres hémorragiques ou des maladies nosocomiales, soit à la faveur de morsures (cas de la rage), soit enfin à la faveur d’aliments ou d’eaux de boissons contaminés (c’est le cas de la maladie du hamburger ou de la poliomyélite) 
Origine des maladies émergentes et réémergentes : l’animal sauvage et l’animal domestique
Sur les 27 maladies décrites ci-dessus, 23 viennent de l’animal.
a) Les 3 maladies qui ne proviennent pas de l’animal :
La poliomyélite, vieille connaissance du passé, vaincue de nombreux pays par les campagnes de vaccination (en 2014, l’Inde a annoncé son éradication par une politique de vaccination généralisée), est de retour dans certains d’entre eux en raison d’un déficit vaccinal (Nigéria, Afghanistan, Syrie, Pakistan) ; la poliomyélite est une maladie virale dont le virus est disséminé (dans les eaux) par les patients atteints et surtout par les nombreux porteurs sains.
La légionellose est une maladie bactérienne apparue en 1976 à un congrès d’anciens combattants à Philadelphie (182 malades et 29 morts) et qui sévit depuis dans la plupart des pays développés (1298 cas en France en 2012). La bactérie pathogène (« Légionella ») qui colonise à l’état naturel les circuits de climatisation et les colonnes d’eau chaude dans les immeubles, existait bien avant que la maladie soit identifiée comme telle. 
Les maladies nosocomiales sont dues à des bactéries pathogènes (staphylocoque doré, Pseudomonas, colibacilles) circulant en milieu hospitalier et ayant acquis le plus souvent la résistance aux antibiotiques. Ce sont donc des agents pathogènes qui se sont modifiés du fait des activités humaines. Actuellement en diminution suite aux mesures prises, elles ont été encore la cause de 3500 décès en 2012 en France. L’usage excessif des antibiotiques chez l’homme et chez l’animal est mis en cause.
 
b) L’animal est en cause dans l’origine de 23 maladies émergentes actuelles :
- Animal réservoir et/ou vecteur Maladie émergente
Oiseaux : - canard sauvage et autres anatidés (réservoir) Grippe aviaire
- -autres volailles de basse-cour (vecteur) Grippe aviaire
- -autres : corbeaux des villes par ex. (réservoir) Encéphalite à West-Nile
Mammifères :
 -chauves-souris (réservoir et vecteur) Fièvre hémorragique Ebola 
 Virus de Marburg
 Rage à Lyssavirus
 SRAS
 Syndrome respiratoire du
 Moyen-Orient
 Nipah
 Hendra
 -singes (réservoir, hôte intermédiaire) Fièvre jaune
 Dengue
 Chikungunya
 SIDA
 Fièvre hémorragique Ebola
 -civette (hôte intermédiaire) SRAS
 -cheval (hôte intermédiaire) Encéphalite à West-Nile
 -dromadaire (hôte intermédiaire) Syndrome respiratoire du Moyen-Orient 
 -mouton (réservoir) Charbon (Anthrax)
 Fièvre de la vallée du Rift
 -porc (hôte intermédiaire) Grippe

 -bovin (réservoir) Maladie du hamburger
 Maladie des graines germées
 ESB
 -petits rongeurs (réservoir) Maladie de Lyme
 Peste
 Fièvre hémorragique Hantaan
 Fièvre d’Argentine
 -cervidés (réservoir) Maladie de Lyme
 - renard en Europe (réservoir) Rage
 - loup au Moyen-Orient (réservoir) Rage
- -écureuil et raton-laveur aux USA (réservoir) Rage 
L’augmentation de la fréquence d’apparition des maladies émergentes depuis 30 ans :
Comment on en est arrivé là ?
Les facteurs de l’émergence sont multifactoriels ; il y a 6 raisons connues, toutes liées à l’activité humaine :
- L’amélioration du dispositif pour le diagnostic et l’épidémiosurveillance, à travers des tests de laboratoire plus rapides et plus sensibles faisant appel aux techniques de l’ADN. On est ainsi capable de détecter dans les délais de plus en plus rapides des maladies infectieuses nouvelles chez l’homme et aussi d’étudier plus facilement la présence de nouveaux virus circulant au sein de la faune animale.
- L’apparition de nouveaux agents pathogènes : il est certain qu’il y aura toujours des maladies nouvelles car les virus et les bactéries pathogènes co-évoluent avec leurs hôtes qu’ils soient humains ou animaux : ainsi par exemple le virus de la rougeole, celui de la peste bovine et celui de la maladie de Carré du chien, ont un ancêtre commun via la domestication de l’auroch en Europe au néolithique ; les trois virus ont divergé (de plus, on sait qu’avant Christophe Colomb, l’élevage des bovins et la rougeole n’existaient pas dans le nouveau monde).
- Les modifications de l’environnement offrent un terrain favorable à l’émergence d’agents pathogènes pré-existant à l’état silencieux, via les ruptures d’équilibre des écosystèmes :
- La rupture de l’équilibre de la cohabitation entre les humains et la faune sauvage
- La cohabitation étroite des humains avec les animaux domestiques comme par exemple dans la Chine rurale du sud-est
- Les déforestations (en Indonésie pour faire place aux plantations de palmiers à huile) perturbent les interactions entre espèces et favorisent les contacts entre la faune sauvage, réservoir de pathogènes, et les populations humaines sensibles. En effet moins de forêts pourraient signifier moins de choix pour se nourrir, et aussi plus de cohabitation imposée aux derniers singes, aux dernières chauves-souris, ainsi qu’aux dernières populations humaines locales. Ce qui pourrait expliquer la fréquence du passage d’un virus (Ebola par exemple) depuis le réservoir vers des espèces sensibles (singes, humains) et aussi l’accélération du nombre de cas de fièvres hémorragiques en Afrique centrale. 
- Les cultures intensives de céréales (maïs) dans des zones (pampa) où elles n’existaient pas auparavant (fièvre d’Argentine), favorisent la pullulation de petits rongeurs réservoir de virus.
- La construction de grands barrages en Afrique (pullulation des moustiques vecteurs de virus)
- Les variations climatiques et les variations du couvert végétal induisent des perturbations parmi les habitats d’animaux sauvages (incendies en Indonésie et en Australie, suite au courant « el nino dans l’océan pacifique)
- L’homogénéisation génétique de la diversité du vivant animal et végétal : l’homogénéisation génétique des animaux en élevage intensif (réduction du nombre de races d’animaux domestiques au profit d’un petit nombre rendues plus productives par la sélection génétique)) rend les bêtes plus sensibles aux maladies infectieuses qui deviennent des sources de virus (grippe aviaire) ; inversement les anciennes races locales considérées comme « rustiques », offrent un potentiel de résistance aux maladies : par exemple au Pays Basque, la brebis laitière de la race locale basque manech résiste à la piroplasmose (maladie parasitaire transmise par les tiques) et à la vie en montagne humide, ce qui n’est pas le cas de la brebis de race Lacaune sélectionnée au niveau génétique pour la production laitière intensive. L’élevage industriel (intensif) reste dominé par une logique d’homogénéisation génétique des animaux (la vache laitière Holstein, produit de la génétique nord-américaine, a conquis toute la planète !) et d’utilisation intensive de médicaments et de vaccins. La diversité des pratiques culturales et la diversité des races animales et végétales contribuent donc à notre santé.
- Plus un écosystème est dégradé du fait des activités humaines, plus un pathogène pourra aisément s’y installer ; la biodiversité, de par son fonctionnement et ses relations, constitue donc une barrière aux maladies émergentes. 
- La résistance aux thérapeutiques :
- Du fait de l’usage excessif et mal contrôlé des antibiotiques, certaines bactéries pathogènes sont devenues résistantes aux antibiotiques (tuberculose, infections nosocomiales, etc…) et ont développé des gènes de résistance qui sont transmis dans l’environnement de bactéries à bactéries. On assiste maintenant à une mondialisation de la résistance aux antibiotiques, source de la réémergence de maladies bactériennes autrefois maîtrisées.
- De même, l’usage excessif des insecticides et leur mauvaise gestion dans la lutte contre les moustiques par exemple, a eu pour conséquence l’apparition de moustiques résistants.
- Enfin, pour les mêmes raisons on assiste hélas au développement de plus en plus fréquent de formes de paludisme résistant aux médicaments antipaludéens (nivaquine).
- Le déficit vaccinal :
- L’insuffisance de la couverture vaccinale dans certaines régions pour des raisons religieuses (sectes), politiques (terrorisme) ou autres (crainte irraisonnée des vaccins) a entrainé la réémergence de maladies infectieuses autrefois bien maîtrisées : coqueluche, rougeole, poliomyélite. Cette dernière est en bonne voie d’éradication au niveau mondial puisque seulement trois pays restent encore atteints (Nigéria, Pakistan, Afghanistan).
- La guerre biologique et le bioterrorisme :
- Dans le passé, les virus (variole) et les bactéries (choléra, anthrax, tularémie, ) et les toxines (toxine botulinique, ricine ) ont été utilisés par les militaires avec plus ou moins de succès (Japon, URSS) dans le but de provoquer une maladie dans une population humaine. Ceci dit, il faut rappeler qu’un traité multilatéral interdisant les armes biologiques a été signé en 1996 par 137 pays. Cependant, en septembre 2001 aux USA, le bioterrorisme a eu recours à la bactérie du charbon (anthrax) et ses spores redoutables.
- Tous ces microbes pathogènes préexistaient bien sûr dans la faune sauvage, nous leur avons seulement donné l’occasion de se développer et de se faire connaître et reconnaître !

- Comment les maladies émergentes se propagent-elles ? : les facteurs de propagation sont essentiellement liés aux activités humaines. 
- Si les microbes pathogènes sont à l’origine des épidémies, la « déflagration » en quelque sorte que constitue l’épidémie est conditionnée par leur diffusion. Cette dernière est liée aux activités humaines : la concentration des mégapoles, la grande mobilité des populations en lien avec les échanges commerciaux qui sont devenus le « grand marché commun » des agents pathogènes et de leurs vecteurs, le tourisme, les transports aériens (chaque jour 5000 personnes voyagent de l’Europe vers l’Asie), les élevages intensifs, la circulation croissante des animaux d’élevages (circuits commerciaux) et des nouveaux animaux de compagnie d’origine exotique provenant de la faune sauvage (souvent porteurs de virus), et enfin la baisse des contraintes de contrôle sanitaires vécues comme une entrave au libre échange des biens, des personnes et des animaux. 
- Le développement des échanges économiques dans le cadre de la mondialisation, apparait comme contradictoire avec l’amélioration du niveau sanitaire de la planète. Les virus et autres agents de maladies ne font qu’en profiter !
 Comment maîtriser les nouvelles maladies émergentes et les crises qu’elles génèrent ?
 Tout d’abord, il faut rappeler qu’il sera difficile voire impossible d’empêcher l’apparition de 
 nouvelles maladies émergentes quand on sait que ces dernières sont liée aux activités humaines 
 et à la mondialisation. En revanche, la recherche sera capable de les détecter de plus en plus vite,
 de les connaitre plus rapidement et de mieux en mieux, et donc de prendre des décisions basées 
 sur des connaissances nouvelles, et non plus dans un contexte d’incertitude. 
 La veille sanitaire au niveau mondial en vue de la détection rapide des nouvelles maladies est 
 une première nécessité manifestée par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS, à Genève) et 
 par l’Organisation Mondiale de la Santé Animale (OIE, à Paris). Des réseaux de veille sanitaire et 
 d’épidémiosurveillance sont en place : par exemple en France, le réseau des groupes régionaux
 d’observation de la grippe, les « GROG », ont pour mission la détection rapide et le suivi de la 
 circulation des nouvelles souches de virus grippal sur tout le territoire français, ou le réseau
 « SAGIR » mis en place par l’Office National de la Chasse pour la surveillance sanitaire et
 l’épidémiologie des maladies nouvelles chez les oiseaux et mammifères sauvages. Ces nombreux
 réseaux sont appuyés par des laboratoires et centres de références pour chacun des principaux
 pathogènes en cause.
 La bonne gestion d’une crise sanitaire engendrée par une nouvelle épidémie (par exemple celle
 de la vache folle ou celle de la grippe aviaire) est conditionnée par la mise en place de trois
 instances d’importance essentielle qui symbolisent trois fonctions complémentaires :
 Tout d’abord, l’expertise collective et pluridisciplinaire pour la compréhension des ressorts de 
 l’épidémie et l’évaluation des risques.
 En second lieu, le décideur politique assurant la gestion du risque au niveau national à travers des
 décisions appropriées et le diplomate pour l’aide à la gestion du risque au niveau international ( 
 comme par exemple la gestion des inégalités d’accès aux soins et de leur pratique pour la lutte 
 contre le SIDA entre le Nord et les pays du Sud).
 Et enfin, la communication officielle avisée et adaptée vers le grand public ( l’ignorance est mère
 de la peur !) : Avec qui communiquer ? Comment communiquer ? Comment choisir un porte-parole ?
 La crise de la vache folle (1996) est l’exemple d’une crise relativement bien gérée ; ce qui ne fut 
 pas le cas de la crise de la grippe aviaire H5N1 en 2005-2006, ou de la grippe A H1N1 en 2009
 (mauvaise communication à propos du vaccin et de la vaccination).
Histoire naturelle des maladies émergentes à travers six situations récentes exemplaires :
1- Le SIDA : du chimpanzé à l’homme, ou comment on a montré dès 1989 l’origine zoonotique de la pandémie.
Le SIDA est la plus grande catastrophe sanitaire connue depuis la Peste : 30 ans après le premier cas aux USA en 1981, 60 millions de personnes atteintes et 30 millions de morts !. C’est le résultat d’une dynamique changeante et complexe liée aux propriétés adaptatives des virus et aux transformations écologiques, démographiques et socioéconomiques, c’est aussi la conséquence de « l’humanisation » d’une souche de rétrovirus simien qui a contaminé accidentellement l’homme (actes de chasse, dépeçage, tatouage) et a acquis la capacité d’une transmission interhumaine à l’échelle planétaire. 
Le SIDA serait apparu en Afrique dès les années 1920, mais serait resté « invisible » car les conditions épidémiques n’étaient pas réunies.
En 1989, des rétrovirus précurseurs de celui du SIDA sont mis en évidence chez des chimpanzés en bonne santé au Gabon. Puis au début des années 2000, une équipe française du centre international de recherches médicales à Franceville au Gabon a réussi à obtenir des prélèvements biologiques sur des chimpanzés sauvages en pleine forêt sans les traumatiser et sans recourir à une méthode invasive, tout simplement à partir des selles qu’il a fallu tout d’abord différencier de celles de gorilles : le génome viral du rétrovirus simien a été ainsi détecté dans 16 échantillons de selles sur 600, montrant ainsi l’existence de porteurs sains du rétrovirus simien ancêtre du VIH et confirmant clairement l’origine zoonotique du virus du SIDA à partir de chimpanzés sauvages. 
2- La fièvre hémorragique à virus Ebola : des chauves-souris aux chimpanzés dans la grande forêt du Congo (et ailleurs)
D’évolution foudroyante, la fièvre hémorragique à virus Ebola est très contagieuse (par contact, mais pas par voir aérienne). Elle affecte les humains et les grands singes tels que gorilles et chimpanzés vivant dans les forêts tropicales de plusieurs pays (Congo, Ouganda, Cameroun, Côte d’Ivoire, Guinée). Les chauves-souris telles que les grandes roussettes sont les réservoirs du virus. Cette maladie évolue par des séries d’apparitions et de disparitions depuis 1976, date du premier foyer identifié près de la rivière Ebola au nord Congo. Depuis cette date un bilan fait état de 2317 personnes atteintes et 1671 morts recensés (mais combien d’autres non recensés au plus profond des forêts !). L’évolution de ces épidémies est liée à la conjonction de circonstances dans un environnement forestier où les chauves-souris et les chimpanzés se rencontrent et se côtoient :
L’infection chronique des chauves-souris (réservoir du virus), et la présence simultanée sur le même site de chauves-souris infectées et de grands singes non immuns sensibles à l’infection : ces derniers se contaminent alors en consommant les restes de fruits mâchés par les chauves-souris (dont la salive est riche en virus) et tombés au sol. Les humains (chasseurs) s’infectent par les singes au moment de leur dépeçage (viande dite « de brousse » consommée ou vendue sur le marché local).
On sait maintenant que les épidémies humaines liées au virus Ebola au Congo et en Côte d’Ivoire et récemment (mars 2014) en Guinée, ont toujours débuté par des mortalités chez les grands singes et suivies ensuite par une transmission à l’homme par manipulation des cadavres de singes. Ces derniers sont en fait plus des victimes que des acteurs. 
3- L’infection par le virus West-Nile (virus du Nil occidental) : un virus « ailé » que rien n’arrête !
Isolé d’un malade en 1937 dans le district de West-Nile en Ouganda, le virus est le cousin germain de celui de la fièvre jaune, de celui de la Dengue et aussi de celui du Chickungunya (il est accusé d’avoir causé la mort d’Alexandre le Grand à Babylone). L’infection se manifeste chez les humains de 3 façons différentes : la première est asymptomatique chez 80% des gens, la seconde est un syndrome grippal connu sous le nom de fièvre du Nil, et la troisième provoque chez 15% des gens méningite et encéphalite.
Depuis 25 ans, le virus a fait comme ses cousins une belle carrière en circulant de l’Afrique à l’Asie et à l’Europe à l’occasion de migrations aviaires. Les oiseaux sauvages de l’ancien monde hébergent le virus sans être malades, en revanche le virus est pathogène pour le cheval et l’homme. Pour se développer, la maladie a besoin d’oiseaux (le réservoir) qui vont multiplier le virus, et de moustiques (le vecteur) qui vont d’abord piquer un oiseau infecté porteur sain, puis piquer un oiseau sain pour le contaminer. Piqués par un moustique contaminé, les mammifères, hommes et chevaux, sont les victimes, sans pour autant devenir réservoirs.
Habituellement cantonné au pourtour méditerranéen, le virus a brusquement traversé l’Atlantique en 1999 (premiers cas à new-York chez des oiseaux du zoo puis chez des corbeaux dans la ville) pour envahir en quelques années presque tout le continent américain (nord et sud) et les caraïbes. L’avancée du virus en Amérique se traduit par des mortalités importantes d’oiseaux sauvages et aussi par de nombreux cas cliniques chez les chevaux et les humains avec une mortalité de 4% chez ces derniers. En France, des cas isolés chez les chevaux et les humains ont été observés en 1960 et en 2000 en Camargue, puis en 2003 dans le Var.
Comment le virus a pu traverser l’Atlantique puisque qu’aucun oiseau migrateur ne le traverse d’Est en Ouest ? Il semble probable (hypothèse) que le phénomène serait lié à l’arrivée d’oiseaux de cage ou de volière, malades ou en incubation, via la soute à bagages pressurisée d’un vol régulier (plus de 100.000 oiseaux de cage sont importés chaque année en moyenne, de pays africains vers des pays européens ou américains). Les moustiques new-yorkais ont fait le reste en devenant spontanément d’excellents vecteurs. 
Comme avec le SRAS (voir plus loin), on peut remarquer le rôle important des transports modernes sur la rapidité de circulation des biens et des personnes, et la vitesse avec laquelle une maladie peut aussi traverser la planète en profitant de ces derniers.
4- La maladie du Chikungunya : le couple infernal « virus + moustique tigre », un envahisseur redoutable qui profite du commerce quadrangulaire des pneumatiques usagés. 
Isolé pour la première fois en Afrique centrale (Tanzanie, Ouganda) dans les années 1950, le virus est tout d’abord connu pour causer fièvres et courbatures évoluant en 5 jours vers la guérison. De 1960 à 1990, la maladie s’est installée ainsi en Afrique et en Asie à la faveur d’un cycle naturel entre moustiques et singes, passant occasionnellement à l’homme.
Puis au début du XXIe siècle tout a changé brusquement : un phénomène évolutif a suscité l’émergence d’une mutation (maintenant bien identifiée) chez le virus qui a acquis alors un nouveau profil épidémiologique et engendré un tableau clinique plus sévère de la maladie avec une atteinte neurologique (méningoencéphalite) apparue lors des récentes épidémies qui ont frappé en 2005 les populations insulaires de l’océan Indien : Madagascar, Mayotte, Seychelles, Maurice et la Réunion ou en 18 mois 244000 personnes (40% de la population) ont été contaminées avec 203 décès. 
Actuellement le couple infernal moustique tigre + virus est en train d’envahir la planète en tirant parti du trafic quadrangulaire de pneumatiques usagés : ces derniers en provenance d’Asie sont expédiés aux USA pour y être retraités. Une fois remis à neuf, ils sont acheminés vers les pays en développement d’Afrique et d’Océanie, avant de retourner en Asie après un usage intensif et prolongé. Le moustique tigre a pondu ses œufs dans la moite fraicheur de l’eau de pluie collectée à l’intérieur des pneumatiques stockés sur les docks. Embarqués par cargos vers l’Amérique du Nord, œufs et pneus défraichis ont permis au moustique tigre de faire son entrée en Louisiane et au Texas dans les années 1980. Depuis, il a aussi conquis le pourtour du bassin méditerranéen et déjà il s’étend en Rhones-Alpes, dans l’Ain, en Isère et en Savoie. La maladie du Chikungunya est maintenant connue en Italie (une centaine de cas en 2007) et aussi en France dans le Var en 2010 (cas isolés). Le virus vient d’atteindre en 2014 les Antilles françaises ou de nombreux cas ont été enregistrés.
Le couple infernal virus muté + moustique fait preuve d’un potentiel invasif inquiétant qui une des préoccupations majeures du système de santé européen.
5- La grippe aviaire à virus H5N1 : un autre virus « ailé », véhiculé par les canards sauvages
Le virus de la grippe cause des maladies respiratoires bien connues chez l’homme et chez diverses espèces animales (oiseau, porc, cheval) à partir de souches virales spécifiques à ces dernières. D’autre part on sait que le virus aviaire passe rarement chez l’homme.
Causée par un virus spécifique des oiseaux, la grippe aviaire se traduit par une atteinte sévère de l’appareil respiratoire et du tractus digestif accompagnée d’une forte mortalité atteignant 100% (les vétérinaires parlent alors de peste aviaire). Le canard sauvage (et non le canard domestique) est porteur asymptomatique réservoir du virus.
En juillet 2006 la panzootie de grippe aviaire avait touché 56 pays en causant des pertes économiques considérables.
En 1997 à Hong-Kong, lors d’une épizootie, le virus aviaire passe pour la première fois chez l’homme (12 morts). Puis en 2006 en Asie du Sud-Est, le virus passe une seconde fois chez l’homme (260 patients atteints avec 50% de mortalité)
Comment le canard sauvage diffuse-t-il le virus ?
On sait que le réservoir naturel du virus est constitué par les anatidés sauvages (canards, sarcelles, fuligules milouins, morillons, oies, cygnes) ; les canards hébergent le virus sans trouble apparent au niveau de l’épithélium intestinal ; chez l’oiseau, le virus est donc entéritique alors que chez l’homme, le porc et le cheval il est respiratoire et provoque une maladie respiratoire. Chez les volailles domestiques (dites de basse-cour : poulets, dindes, pintades etc), il est très pathogène en causant de fortes mortalités (peste aviaire).
Dans les lacs nordiques, avant leur départ en migration à la fin de l’automne, les canards sauvages subissent des modifications physiologiques : les muscles des ailes et les réserves énergétiques gagnent en masse (les graisses dans le foie par autogavage) et les organes moins essentiels au long vol se réduisent pour quelque temps en particulier le tube digestif ; ce phénomène est associé à la libération massive de virus grippal à la surface des plans d’eau où les oiseaux sont rassemblés (les jeunes se contaminent à cette occasion) ; le virus qui est libéré dans l’environnement survit tout l’hivers dans l’eau glacée des lacs nordiques, et retrouve les oiseaux à leur retour au printemps. 
Comment le virus circule ensuite de proche en proche ?
C’est essentiellement par les circuits commerciaux de volailles vivantes (poussins d’un jour expédiés par avion ou par train d’un pays à l’autre), utilisation de canards dits « appelants » au moment de la chasse sur des plans d’eau où on leur demande de faire venir leurs « cousins » sauvages (c’est une pratique propre à la chasse en France, le nombre d’appelants se situerait entre 500.000 et 1.500.000), et aussi par le contact entre canards sauvages et volailles domestiques. Ce fut le cas en février 2006, dans la commune de Versailleux dans l’Ain, située à proximité d’un étang où des fuligules malouins avaient été ramassés, un élevage de dindes a été contaminée par le virus aviaire H5N1 identifié comme tel par le laboratoire le 17 février ; le lendemain, sans respecter les règles élémentaires de sécurité sanitaire, toute une délégation d’officiels, encadré par un service d’ordre et de plusieurs équipes de journalistes a fait une « sortie ornithologique » au bord de l’étang où les canards infectés avaient été ramassés ( et où donc le virus pathogène était présent !), puis une visite de courtoisie dans la ferme, lieu du premier foyer de grippe aviaire de l’Union européenne !
Comment le virus se transmet-t-il à l’homme ? 
Les souches de grippe aviaire se transmettent mal de l’oiseau au mammifère et voire pas du tout de mammifère à mammifère (peut-être en raison de la différence importante de température corporelle entre l’oiseau et le mammifère, 41°c pour l’oiseau, et 37°c pour l’homme). Cependant on sait que le porc qui héberge des souches de virus grippal adaptées à son espèce, en se contaminant auprès d’un oiseau excréteur d’un virus aviaire hautement pathogène, peut se trouver infecté simultanément par le virus aviare et aussi par le virus porcin et le virus humain. Cette situation heureusement rare, offre la possibilité d’un ré-assortiment entre les génomes de plusieurs virus : il en résulte l’émergence d’un nouveau virus (dit « recombiné ») qui combine la forte pathogénicité du virus venant de l’oiseau et la grande facilité d’adaptation aux mammifères du virus venant du porc et de celui venant de l’homme.
Le contexte écologique (forte densité humaine et animale) des zones rurales du sud-ouest de la Chine (entre Shanghaï et Canton) offre des conditions favorables à un tel scénario ; car dans les espaces restreints de petites fermes familiales très peuplées, cohabitent et se côtoient en permanence les humains, les volailles, les canards dans la rizière et la mare voisine et les porcs de race locale circulants autour de la maison et au milieu de ses habitants.
6- Le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) ou la première grande peur du XXIe siècle, avec un redoutable virus tueur qui tire profit des vols réguliers des compagnies aériennes
De février à avril 2003 une panique s’est emparée des services de santé du monde entier après l’émergence, dans un hôpital de Hanoï, d’un syndrome respiratoire atypique, inédit et mortel. Un mois plus tard, la maladie avait envahi la planète, trois continents étaient touchés et le 12 mars l’OMS déclarait officiellement une alerte internationale. En à peine 4 mois, des cas apparaissent dans plus de 30 pays et 8.500 personnes sont touchées avec 774 décès. Singapour et Toronto sont particulièrement touchées. L’OMS a estimé que le SRAS aurait globalement couté 30 milliards d’euros.
On sait aujourd’hui qu’en novembre 2002 un évènement très particulier s’est déroulé à Hong-Kong : arrivé de Chine continentale, un médecin chinois croise de nombreuses personnes dans l’hôtel 4 étoiles où il séjournait ; infecté par le virus du SRAS, ce médecin excrète alors des quantités phénoménales de virus qu’il diffuse autour de lui ; il a d’ailleurs été baptisé « super- spreader » (c’est-à-dire super-diffuseur de virus) ; l’ensemble des personnes contaminées à la faveur de ses rencontres regagnent peu après par avion leurs pays d’origine respectifs en Europe, en Amérique du Nord et au Vietnam ; ainsi en peu de jours, le virus porté par de nombreux futurs malades ou en incubation, se retrouve dans plusieurs continents. En fait, il semble même qu’il n’ait existé que 3 « super-spreaders » à l’origine de pratiquement toute la pandémie humaine.
En quelques semaines les microbiologistes ont été sur la piste d’un virus d’une famille déjà connue comme un coronavirus, mais d’une espèce nouvelle. 
D’où vient le virus et comment a-t-il émergé en Chine ?
En mai 2003 une nouvelle piste aboutit à la découverte d’un virus identique à celui du SRAS chez des animaux vivants prélevés dans un marché de Shenzhen, grande ville à l’est de Canton ; il s’agit de 3 civettes palmistes masquées (joli petit mammifère carnivore asiatique connu pour sa poche à musc ; il faut se rendre compte que les marchés du sud de la Chine ressemblent à des parcs zoologiques tant est grande la diversité des espèces vivantes proposées à la vente pour la consommation).
Puis à l’automne 2005, un virus très proche de celui de la civette est isolé en Chine de façon indépendante dans plusieurs colonies de chauves-souris rhinolophes non malades qui sont alors considérées comme le réservoir du virus, la civette n’étant que l’hôte intermédiaire ; de plus sur les marchés où avait été identifié le virus, civettes et chauves-souris vivantes se côtoyaient cloitrées dans des cages à proximité les unes des autres (car rhinolophes et civettes sont communément très appréciées par la gastronomie chinoise).
En conclusion, l’émergence du SRAS est liée à la conjonction de 2 événements à l’origine de la pandémie :
- une double transgression de la barrière d’espèce : rhinolophe-civette, puis civette-homme
- une rapide adaptation génétique du virus à son hôte final l’homme
Son émergence complexe a donc nécessité des conditions inhabituelles : un réservoir, un hôte intermédiaire et un hôte définitif. Le virus a engendré la pandémie mondiale en empruntant les voies internationales du transport aérien. Faute d’avions, la pandémie a pour une fois épargné les pays pauvres ! 
Quelles sont les leçons de la crise engendrée par la pandémie due au SRAS ?
La diffusion des cas via les lignes aériennes sur plusieurs continents a mis en évidence le fait que la mondialisation est une réalité : les transports aériens permettent aujourd’hui à un malade potentiellement infectieux et contagieux de traverser en quelques heures les continents.
Le suivi des cas par internet sans prendre le recul nécessaire, a participé à l’emballement médiatique.
Enfin la dernière leçon de la crise du SRAS a été de démontrer l’intérêt d’une mobilisation internationale, induite par le fait que SRAS est devenu très rapidement une préoccupation globale. 
Mais il faut quand même rappeler qu’à la même période (été 2003), 2 semaines de canicule à 40°c avaient tué 15.000 personnes en France, alors que le SRAS lui, n’a tué « que » 800 personnes à travers le monde pour 9.000 cas recensés.
Les chauves-souris auraient-elles une particularité qui fait d’elles des redoutables réservoirs de virus pathogènes ? 
Données générales sur les chauves-souris (chiroptères) :
Cet animal bénéficie d’une bonne image de marque en Chine, en revanche en Europe il fait l’objet d’une image tout à fait négative. 1000 espèces de chauves-souris (dont 33 en France, toutes insectivores) sont répertoriées dans le monde du cercle polaire à l’équateur. Ce sont des animaux dont le poids selon les espèces varie de 10gr à 1,5Kg, et dont la durée de vie est de l’ordre de 40 ans (alors qu’une souris ou un campagnol de nos campagnes ne vit pas plus de 2 ans). Leur régime alimentaire est des plus varié selon les espèces : insectivore, frugivore, nectarivore, pollinivore, carnivore, piscivore.
Les chauves-souris ont développé le système de l’écholocation (émisssion d’ultrasons), un système complexe et précis (découvert en 1940) leur permettant de se diriger en évitant les obstacles. S’inspirant de ce système original, Donald Griffith aux USA a mis au point le premier le sonar sur les navires de guerre pendant la deuxième guerre mondiale.
Les rhinolophes (réservoir du virus du SRAS en Chine) sont des petites chauves-souris insectivores (4 espèces en France) dont le nez présente une crête en forme de fer à cheval.
Les chauves-souris, réservoir de virus pathogènes pour l’homme :
Les chauves-souris sont infectées par de nombreux virus qu’elles hébergent et excrètent dans l’environnement : les « Lyssavirus » cousins du virus de la rage (en Afrique, en Asie et en Europe (dont la France), le virus Hendra pathogène pour les chevaux et les humains en Australie, le virus Nipah pathogène pour les porcs et les humains en Malaisie, le virus Ménangle pathogène pour le porc, le cheval et l’homme en Australie, le coronavirus du SRAS en Chine, le virus de la fièvre hémorragique Ebola en Afrique, et deux ou trois autres.
Le risque de contamination humaine vient surtout du commerce de chauves-souris exotiques comme animaux de compagnie : ainsi la roussette d’Egypte est régulièrement proposée à la vente comme compagnon de nuit (cas français en mai 1999 d’une roussette d’Egypte achetée légalement dans une animalerie à Bordeaux et qui présentait un comportement inhabituel pour lequel le vétérinaire émet une suspicion de rage confirmé par l’Institut Pasteur ; il a fallu traiter (vaccin) les 130 personnes qui avaient été exposées au virus, et aussi euthanasier tous les mammifères que la roussette avait pu croiser durant son séjour dans l’animalerie).
Quelles sont les raisons pour lesquelles les chauves-souris sont des réservoirs de nombreux virus ?
1- Les colonies de chauves-souris représentent des populations très denses de milliers d’individus, ce qui constitue un milieu idéal pour les virus
2- Les chauves-souris vivent jusqu’à 40 ans, et donc ont plus de chances de transmettre un virus dont elles seraient porteuses
3- L’écholocation (émission d’ultrasons par la bouche et le nez) produirait des « fontaines » de gouttelettes contribuant à la propagation des virus
4- Les chauves-souris seraient plus vulnérables aux infections, mais subiraient moins de dommages que provoque habituellement la lutte d’un système immunitaire fort contre un virus pathogène
5- Enfin la disparition des habitats habituels des chauves-souris avec les déforestations a favorisé une plus grande proximité avec l’homme et divers animaux domestiques de ferme.
6- La pénétration de plus en plus fréquente des humains dans les systèmes forestiers sauvages

Quel lien avec la mondialisation ?
Au néolithique, la maîtrise de la domestication animale et le début de l’élevage ont favorisé la promiscuité entre humains et animaux dont certains étaient porteurs sains de virus, de bactéries et de parasites propres à chacune des espèces animales domestiquées ; ce qui a fourni à ces germes l’occasion de passer la barrière d’espèce et d’infecter les premiers éleveurs et leurs familles.
Les bovins nous ont alors transmis la variole, la rougeole via la peste bovine, la lèpre, la tuberculose, la brucellose, la typhoïde, le ténia etc … . Les ovins nous ont légués le charbon, les porcs et les volailles, la grippe et le cheval, le tétanos. La transmission de ces germes aux humains a été ainsi la cause des premières zoonoses ; ce phénomène peut être considéré comme une des conséquences de « l’empreinte écologique » résultant de « l’anthropisation de l’environnement par l’humanité à ses débuts.
Un processus identique est sans doute en train de se reproduire actuellement depuis la décennie des années 1980 avec les « effets collatéraux » de la mondialisation sur nos modes de vie, sur nos modes de développement (intensification des échanges de bien et de personnes), sur nos rapports avec l’environnement et la nature en général (déforestations, dégradation des écosystèmes etc…), et surtout sur l’équilibre de la cohabitation des humains avec la faune sauvage dont les habitats sont de plus en plus menacés. En marquant l’Evolution de notre « empreinte », nous avons ainsi donné l’occasion à ces germes pathogènes de franchir la barrière d’espèces et d’exprimer leur potentiel pathogène chez les humains.
Ce phénomène d’apparitions successives et accélérées de nouvelles maladies infectieuses émergentes issues de la faune sauvage, devrait donc être également considéré comme la conséquence de « l’empreinte écologique » de ce monde nouveau dit mondialisé qui avait été annoncé il y a 80 ans par le visionnaire Teillard de Chardin.
 
Pour en savoir plus :
1- Patrice Debré et Jean-Paul Gonzalez, Vie et mort des épidémies, Ed. Odile Jacob, 2013, 280 pages (Une réflexion originale sur le combat contre les épidémies et sur les moyens dont nous disposons pour les éradiquer ; bien écrit par des chercheurs riches d’expérience, et facile à lire)
2- François Moutou, La vengeance de la civette masquée, Ed. Le pommier, 2007, 332 pages (Comprendre pourquoi ces nouvelles maladies ont émergé ou réémergé avec l’examen des vastes implications médicales, sanitaires, sociales et environnementales ; bien écrit par un vétérinaire chercheur épidémiologiste, grand connaisseur de la faune sauvage)
3- Ouvrage collectif sous la direction de Serge Morand et Gilles Pipien, avec une préface de Hubert Reeves, Notre santé et la biodiversité, tous ensemble pour préserver le vivant, Ed. Buchet et Chastel, 2013, 230 pages (C’est en détruisant les écosystèmes, en perturbant le fonctionnement du vivant, en diminuant la biodiversité que nous mettons notre santé en danger)
4- Pr Didier Raoult, Dépasser Darwin, Ed Plon, 2010, 165 pages (vision critique et originale de l’Evolution selon Darwin ; en modifiant nos écosystèmes, nous donnons l’occasion à de nouveaux germes d’émerger ; l’homme veut être maître de sa fécondation, de sa procréation, de sa vie, de sa mort, comme il veut aussi être maître son environnement)